« Madame la ministre, reprenez la gestion de la masse salariale et des postes des personnels titulaires« . Dans un cour­rier adressé  le 12 novembre à la ministre Geneviève Fioraso, les 14 pré­si­dents estiment que « cette conclu­sion s’impose si les uni­ver­si­tés conti­nuent de se voir pri­vées des moyens les plus élémen­taires d’assumer leur fonc­tion d’employeur ». Sans le finan­ce­ment cor­res­pon­dant, le trans­fert de la masse sala­riale « n’est plus une aide mais un han­di­cap car il nous fait réduire les finan­ce­ments déjà trop faibles pour nos mis­sions fon­da­men­tales » déplorent-ils. Les pré­si­dents rap­pellent qu’ils n’ont « pas été élus pour réduire les postes, dimi­nuer les cré­dits consa­crés à la for­ma­tion, la recherche ou la docu­men­ta­tion quand l’avenir écono­mique et social de notre pays et de l’Europe sup­pose que la nation inves­tisse pour ame­ner 50 % d’une classe d’âge au niveau bac+3 ».

Pour Geneviève Fioraso, dans une réponse datée du 15 novembre 2012, l’autonomie doit être « pour tous, sans handicap, une autonomie reposant sur une identité affirmée et une différenciation assumée des établissements, mais une autonomie accompagnée, justement, à proportion des besoins et des difficultés particulières de chaque université. » Geneviève Fioraso reste néanmoins « convaincue que l’autonomie des universités, dans une perspective de coopération et d’émulation, est la seule solution pour asseoir durablement la position internationale de l’ensemble de notre système d’enseignement supérieur et de recherche, et pas seulement de quelques sites et de quelques établissements prestigieux”.

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